赤崁樓從荷蘭人據台時期便是行政中心，西元1661年鄭成功驅逐荷蘭人後，即改普羅民遮城為承天府治。

清初台江尚未淤塞前，浪濤可直達赤崁樓下，「赤崁夕照」是當時著名的台灣八景之一。